Dienstag, 23. November 2021

Genetische Risiko-Veranlagung für Covid 19 - In Indien

Meine Gene, Teil 12

Jüngst wurde wieder einmal über einen neu entdeckten, angeborenen Häufigkeitsunterschied für Krankheitsverläufe bei Menschen unterschiedlicher geographischer Herkunftsräume berichtet (1-3). Diesmal geht es um Covid19. Träger einer bestimmten Variante eines bestimmten Haplotyps (SNPedia) haben unter 60 Jahren ein doppelt so hohes Risiko, an Covid19 zu sterben als Träger einer anderen Variante desselben (1-3).

Symbolbild: Intensivstation (hier in Sao Paolo) (Wiki)

Da möchte man ja eigentlich gleich in seinem eigenen Gen-Datensatz und in denen seiner Angehörigen schauen, mit welchem Risiko man da bei jedem einzelnen zu rechnen haben könnte.*)

Aber leider finden wir dieses SNP ("rs17713054") weder in den uns verfügbaren familiären Gen-Datensätzen bei 23andme, noch in den uns verfügbaren Datensätzen, die von MyHeritage sequenziert wurden. Die große, allseits gelobte und propagierte Internetseite von 23andme, die ja immerhin seit Herbst letzten Jahres Zeit dafür gehabt hat, bringt uns zu dem Suchwort "rs17713054" gar kein Ergebnis. Wieder einmal ein Hinweis darauf, daß die Qualität der Dienstleistungen dieser - sicherlich nicht unnützlichen Firma - doch auch leicht überschätzt werden können.

Immerhin geben viele Nutzer auf der Graswurzel-Seite OpenSNP die für sie sequenzierten Basen bei diesem SNP an (4). Die meisten dortigen Nutzer sind - unserer Erfahrung nach - europäischer Herkunft. Und die von uns dort in schnellem Überblick ausgewertete Zufalls-Stichprobe ergibt 16 Nutzer mit der harmlosen Variante GG, vier Nutzer mit der Risiko-Variante AG und einen Nutzer mit der Risiko-Variante AA (4).

Abb.: Weltweite Häufigkeitsverteilung der angeborenen Risikovariante für Covid19 ("rs17713054") (aus 1)

Der Begründer der Archäogenetik, Svaante Pääbo vom Max Planck-Institut für Evolutionäre Anthropologie in Leipzig, war es, der vor einem Jahr auf dieses SNP erstmals in einer Nature-Studie hingewiesen hat (1). Er, der das Genom der Neandertaler einstmals sequenziert hat, führt aus, daß wir die ursprüngliche Version (AA) und zugleich Risiko-Variante vom Neandertaler geerbt haben. Und er führt dann weiter aus (1):

Der ursprüngliche Neandertaler-Haplotyp tritt in Südasien mit einer Allel-Häufigkeit von 30 %, in Europa mit einer Allel-Häufigkeit von 8 %, unter gemischten Amerikanern mit einer Allel-Häufigkeit von 4 % und in noch geringerer Allel-Häufigkeit in Ostasien auf. ... 50 % der Menschen in Südasien tragen mindestens eine Kopie des Risikohaplotyps, während 16 % der Menschen in Europa und 9 % der vermischten Amerikaner mindestens eine Kopie des Risikohplotyps tragen. Die höchste Häufigkeit tritt in Bangladesch auf, wo mehr als die Hälfte der Bevölkerung mindestens eine Kopie des Neanderthaler-Risikohaplotyps aufwiest und wo 13 % für diesen Haplotypen homozygot sind.
The Neanderthal core haplotype occurs in south Asia at an allele frequency of 30%, in Europe at an allele frequency of 8%, among admixed Americans with an allele frequency of 4% and at lower allele frequencies in east Asia (Fig. 3). In terms of carrier frequencies, we find that 50% of people in South Asia carry at least one copy of the risk haplotype, whereas 16% of people in Europe and 9% of admixed American individuals carry at least one copy of the risk haplotype. The highest carrier frequency occurs in Bangladesh, where more than half the population (63%) carries at least one copy of the Neanderthal risk haplotype and 13% is homozygous for the haplotype.

Natürlich stellt sich natürlich die Frage, warum dieser Haplotyp für den Neanderthaler vorteilhaft war, aber weder für seine parallel lebenden Zeitgenossen in Afrika, noch für den zeitgleichen Denisova-Menschen in Asien. Pääbo und Koautor schreiben dazu (1):

Es ist bemerkenswert, daß dieser Neanderthaler-Risikohaplotyp mit einer Häufigkeit von 30 % in Südasien vorkommt, während er in Ostasien so gut wie gar nicht vorkommt. Dieser große Unterschied in den Allel-Häufigkeiten zwischen Süd- und Ostasien ist ungewöhnlich und legt nahe, daß er in der Vergangenheit einer Selektion unterworfen war. Tatsächlich haben frühere Studien nahegelegt, daß der Neanderthaler-Haplotyp in Bangladesch positiv selektiert worden ist. Zur Zeit können wir über die Gründe nur spekulieren - eine Möglichkeit ist Schutz gegen anderen Krankheitserreger.
It is notable that the Neanderthal risk haplotype occurs at a frequency of 30% in south Asia whereas it is almost absent in east Asia (Fig. 3). This extent of difference in allele frequencies between south and east Asia is unusual (P = 0.006, Extended Data Fig. 5) and indicates that it may have been affected by selection in the past. Indeed, previous studies have suggested that the Neanderthal haplotype has been positively selected in Bangladesh. At this point, we can only speculate about the reason for this—one possibility is protection against other pathogens.

Es könnte auch sein, daß es in der Vergangenheit in Ostasien Selektionsfaktoren gegeben hat, aufgrund deren diese Risikovariante dort bis heute nicht überlebt hat, schreibt Pääbo.

Auffällig ist auch, daß diese Risikovariante heute in Südostasien ähnlich häufig verbreitet ist wie in Indien, obwohl dort doch die Menschen ansonste eher Denosva-Herkunftsanteile in sich tragen, keine Neandertaler-Herkunftsanteile.

Es könnte sich auch die Frage stellen, ob es nicht noch mehr solcher angeborenen Risikovarianten für Covid 19 gibt weltweit. Aber es scheint sicher zu sein, daß die hier behandelte Variante für die größten angeborenen Unterschiede weltweit verantwortlich ist diesbezüglich.

Wichtig ist uns zunächst einmal auch: Menschen afrikanischer Herkunft, die sonst bezüglich von Krankheiten eher häufiger Risiko-Varianten in sich tragen, wären in diesem Fall nicht von der Humanevolution benachteiligt worden.

Also noch einmal: Dieser Haplotyp fand sich in Neandertalern aus Kroatien, er fand sich nicht bei Denisova-Menschen in Asien (1).

Eigentlich sollte man doch jetzt seine Gene auf diese Risiko-Variante nach-sequenzieren können. Dem Bloginhaber ist vorderhand nicht bekannt, ob das irgendeine Firma anbietet. MyHeritage und 23andme hatten diese Variante ja bisher nicht auf dem Schirm.

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*) Aus diesem Grund gehört dieser Blogartikel in die von uns im Jahr 2011 hier auf dem Blog begonnene Blogartikel-Serie "Meine Gene". Der letzte dazu erschienene Blog-Artikel war Teil 11. Er ist im Oktober 2019 erschienen (10/2019). 

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  1. Zeberg/Pääbo, Svaante: The major genetic risk factor for severe COVID-19 is inherited from Neanderthals, Nature, 30.9.2020, https://www.nature.com/articles/s41586-020-2818-3 
  2. Identification of LZTFL1 as a candidate effector gene at a COVID-19 risk locus, Nature Genetics, 4. November 2021, https://www.nature.com/articles/s41588-021-00955-3
  3. Podbregar, Nadine: Covid-19: Risiko-Genvariante erhöht Sterberisiko 15. November 2021, https://www.wissenschaft.de/gesundheit-medizin/covid-19-risiko-genvariante-erhoeht-sterberisiko/
  4. https://opensnp.org/snps/rs17713054
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